[b]في ديسمبر 1998 أعلن عن نية الدخول في المنافسة الانتخابية الرئاسية بصفته مرشحا حرا. و انتخب في 15 أبريل 1999 رئيسا للجمهورية الجزائرية الديمقراطية الشعبية جدد الرئيس عبد العزيز بوتفليقة، حال توليه مهامه، تأكيد عزمه على إخماد نار الفتنة و إعادة الآمن و السلم و الاستقرار. و باشر في سبيل ذلك مسارا تشريعيا للوئام المدني حرص على تكريسه و تزكيته عن طريق استفتاء شعبي نال فيه مشروع الوئام أزيد من 98% من الأصوات.
و لما اخذ الأمن يستتب تدريجيا، تأتى للرئيس بوتفليقة الشروع، على المستوى الداخلي، في برنامج واسع لتعزيز دعائم الدولة الجزائرية من خلال إصلاح كل من هياكل الدولة و مهامها، و المنظومة القضائية و المنظومة التربوية، واتخاذ جملة من الإجراءات الاقتصادية الجريئة شملت، على وجه الخصوص، إصلاح المنظومة المصرفية قصد تحسين أداء الاقتصاد الجزائري ؛ مما مكن الجزائر من دخول اقتصاد السوق و استعادة النمو و رفع نسبة النمو الاقتصادي . كما قرر رئيس الجمهورية خلال عهدته الاولى ترسيم الاعتراف بتمازيغت كلغة وطنية.
على الصعيد الدولي، استعادت الجزائر تحت إشراف الرئيس بوتفليقة و بدفع منه دورها القيادي، حيث يشهد على ذلك دورها الفعال الذي ما انفك يتعاظم على الساحة القارية في إطار الإتحاد الإفريقي و الشراكة الجديدة من أجل تنمية إفريقيا (نيباد) التي كان الرئيس الجزائري أحد المبادرين بها.
و على المستوى المتوسطي، أبرمت الجزائر اتفاق شراكة مع الإتحاد الاوروبي في 22 افريل 2001 .
كما تشارك الجزائر التي أصبحت شريكا مرموقا لدى مجموعة الثمانية، في قمم هذه المجموعة بانتضام منذ سنة 2000
و موازاة لذلك، لا يدخر الرئيس بوتفليقة جهدا من أجل مواصلة بناء اتحاد المغرب العربي.
وفي 22 فبراير 2004، أعلن عبد العزيز بوتفليقة عن ترشحه لعهدة ثانية. فقاد حملته الانتخابية مشجعا بالنتائج الايجابية التي حققتها عهدته الأولى و مدافعا عن الأفكار و الآراء الكامنة في مشروع المجتمع الذي يؤمن به و لاسيما المصالحة الوطنية، و مراجعة قانون الأسرة ، و محاربة الفساد، و مواصلة الإصلاحات. أعيد انتخاب الرئيس بوتفليقة يوم 8 ابريل 2004 بما يقارب 85 % من الأصوات